Bodenfunde aus der keltischen und römischen Epoche bezeugen eine Besiedlung seit dem 2. Jahrhundert v. Chr. Die Anfänge der christlichen Missionierung reichen bis ins 1. Jahrtausend n. Chr. zurück.

1094 wird Neunkirchen erstmals urkundlich erwähnt, als das bayrische Benediktinerkloster Formbach von Graf Eckbert I. den Ort und die Pfarre „Niuwenchirgun“ als Stiftungsgut erhält.

Mitte des 12. Jh. Vergrößerung des bestehenden Gotteshauses durch die Grafen von Formbach – Pitten.

Kirche und Kloster von Neunkirchen sind steingewordene Geschichte; verschiedene Epochen sind darin miteinander verschmolzen

Durch ihre Grenzlage war die Kirche wiederholt schweren Verwüstungen (durch Ungarn- und Türkeneinfälle) ausgesetzt und wurde in ein Wehrkirchensystem eingebunden.

1631 stiftete Hans Balthasar von Hoyos ein Kloster für 12 deutsche Minoriten. 1763 Vollendung des Klostergebäudes. Bis 1782 gehörte Neunkirchen zur Erzdiözese Salzburg, seit 1785 ist die Pfarre der Erzdiözese Wien zugehörig.

1967 – 69 umfassende Restaurierung der Kirche.